Crédit d’impôt recherche : des précisions sur le contrôle

Le décret n° 2013-116 du 5 février 2013 modifie l’article R. 45 B-1 du livre des procédures fiscales afin de préciser les modalités d’intervention des agents du MESR (ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche) dans ce contrôle, au regard notamment de la conduite du débat contradictoire avec l’entreprise. La réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt peut être vérifiée soit par un agent mandaté par le directeur général pour la recherche et l’innovation, soit par un délégué régional à la recherche et à la technologie ou un agent mandaté par ce dernier.
L’intervention des agents du MESR peut résulter soit d’une initiative de ce ministère, soit d’une demande de l’administration des impôts, dans le cadre d’un contrôle ou d’un contentieux fiscal.

Modalités

Dans le cadre de cette procédure, l’agent chargé du contrôle envoie à l’entreprise concernée une demande d’éléments justificatifs. Celle-ci dispose d’un délai de trente jours pour y répondre, éventuellement prorogé de la même durée à sa demande. Elle doit joindre à sa réponse les documents nécessaires à l’expertise de l’éligibilité des dépenses dont la liste est précisée dans la demande d’éléments justificatifs. Il s’agit notamment de :
 la déclaration spéciale, si elle n’avait pas été précédemment adressée au MESR pour chacune des années faisant l’objet du contrôle ;
 les documents scientifiques et techniques nécessaires à l’appréciation de l’éligibilité des opérations de recherche réalisées en interne ou confiées à un prestataire ;
 les justificatifs relatifs aux personnes affectées aux projets de recherche déclarés (qualification, temps passé) ;
 les documents fiscaux et comptables relatifs aux dépenses déclarées.
La personne en charge du contrôle peut envoyer à l’entreprise vérifiée une demande d’informations complémentaires à laquelle celle-ci doit répondre dans un délai de 30 jours.
Si les éléments fournis en réponse ne permettent pas de mener l’expertise à bien, le vérificateur peut envoyer à l’entreprise une seconde demande d’informations à laquelle celle-ci doit répondre, également dans les 30 jours. Dans ce délai, l’entreprise a la possibilité de demander un entretien, afin de clarifier les conditions d’éligibilité des dépenses.

L’agent chargé du contrôle peut également se rendre sur place, après l’envoi à l’entreprise d’un avis de visite, notamment pour consulter les documents comptables prévus par les textes, ainsi que tous les documents annexes ou justificatifs ; effectuer toutes constatations matérielles, et procéder à des vérifications techniques.

Avis notifié à l’entreprise

Un avis sur la réalité de l’affectation des dépenses à la recherche est émis par les agents chargés du contrôle au vu des réponses de l’entreprise aux demandes de justificatifs, documents à produire, et, le cas échéant, d’informations complémentaires, ainsi que des éléments recueillis à l’occasion des échanges avec l’entreprise, lors de l’entretien dans les locaux de l’administration ou de la visite sur place.

Lorsque l’entreprise n’a pas répondu aux demandes d’informations qui lui ont été adressées, lorsqu’elle a refusé de communiquer les pièces justificatives demandées ou n’a pas produit ces éléments en cas de visite sur place, les agents chargés du contrôle constatent que l’affectation des dépenses à la recherche n’est pas justifiée. L’avis est notifié à l’entreprise et communiqué à la Direction générale des finances publiques. Il est motivé lorsque la réalité de l’affectation à la recherche de dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt est contestée.